Madonna in de grot

Een van de grootste geheimen ligt in het bestaan van twee autografe versies. De versie in het Louvre, de vroegste, wordt als gedurfder beschouwd door het wijzende gebaar van de engel en het ontbreken van aureolen. Recente analyses met infraroodreflectografie hebben belangrijke "repentirs" onthuld in de Londense versie, waaruit blijkt dat Leonardo aanvankelijk een totaal andere compositie had gepland, een meer conventionele Aanbidding van het Kind, voordat hij terugkeerde naar het oorspronkelijke schema. Bovendien hebben botanici planten geïdentificeerd met precieze medicinale en symbolische eigenschappen, wat duidt op een esoterisch verband tussen natuur en de genezing van de ziel. Een ander mysterie betreft het licht. In tegenstelling tot het gebruikelijke zenitlicht lijkt het hier uit het binnenste van de grot zelf te komen of gefilterd te worden door verre openingen, wat een dramatisch clair-obscur creëert. Röntgenonderzoek heeft ook sporen van handen en vingers in de onderste verflagen aangetoond, wat bevestigt dat Leonardo zijn handen gebruikte om pigmenten te vervagen en de ultieme zachtheid van het vlees te bereiken. Ten slotte duurde de controverse over de betaling van het werk meer dan twintig jaar, waardoor Leonardo gedwongen werd een tweede versie uit te voeren voor de ontevreden opdrachtgevers.